生体内に色素が病的に沈着することをいう。

生理的に体内にある色素の量が異常になる場合（ホクロにおける黒色素）、また出現する場所が異常の場合（脂肪腫における脂色素）、生理的には存在しない色素が病的の条件のもとに発生する場合（マラリア色素）などがあり、それぞれ同所性、異所性、異類の色素沈着といわれる。

その由来は、体内で加工されて生ずるものと、体外から入ってくるものと区別でき、おのおの内生、外来の色素と呼び、前者は血色素に由来するものと、しないものとがある。